Alper’in 2013 yılında başlayan Fenerbahçe macerası beklendiği gibi gitmedi ve sonunda sözleşmesi feshedildi.
7 yıl aradan sonra Sarı-Lacivertliler’e veda eden 29 yaşındaki futbolcuya teklifler gelmesi uçun sürmedi. Süper Lig ekipleri Göztepe, Alanyaspor ve Kasımpaşa’nın Alper’e talip olduğu öğrenildi. Üç ekibe de sıcak bakan eski milli oyuncu, yapılacak görüşmelerden sonra yeni takımına karar verecek.